Кафедра высшей математики является одной из старейших кафедр университета. Курс высшей математики читается студентам с 1931 года, т.е. с момента основания путейско-строительного института. Первым заведующим кафедры был профессор Николай Михайлович Васильев (1931-1938). Кафедра в самом начале состояла из трех преподавателей.

Одним из этих трех преподавателей был выпускник годичной аспирантуры МГУ Алексей Александрович Савёлов. Молодой ассистент быстро проявил себя талантливым педагогом. В ноябре 1936 г. он был утвержден в должности доцента и вскоре возглавил кафедру (1938), оставаясь на этом посту в течение трех последующих десятилетий. Лишь во время войны, когда в Новосибирске оказались в эвакуации вузы из европейской части страны, сливавшиеся с соответствующими местными институтами, кафедрой в течение трех лет временно заведовал профессор МГУ Александр Петрович Норден. Таким образом, вторым заведующим кафедрой высшей математики был Алексей Александрович А.А. Савёлов (1938-1968), а третьим - А.П. Норден (1941-1944).

В 1968 четвертым заведующим кафедрой стал Юрий Ильич Соловьев (1968-2001), Савёлов А.А. продолжал работать на кафедре до 1975 года. В настоящее время заведующим кафедрой назначен профессор Петр Иванович Остроменский (2001). Савёлов А.А. был не только выдающимся педагогом (в феврале 1944 года он защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата педагогических наук), но и крупным ученым, опубликовав, в частности, две монографии по теории плоских кривых (Савёлов А.А. Замечательные кривые. -Томск: Красное Знамя, 1938. -436 с., Савёлов А.А. Плоские кривые. (Систематика, свойства применения. Справочное руководство). - М.: Физматгиз, 1960. - 294с.). Все, кому посчастливилось работать вместе с ним, с большой теплотой вспоминают о нем и благодарны ему за уроки педагогического мастерства.

Став в 1953 году гражданским, НИИЖТ переживает бурный рост: открываются новые факультеты, возникают новые специальности, постоянно увеличивается набор студентов, расширяется штат кафедр. В 1953 г. на кафедре высшей математики работало 7 человек, в том числе: Моралёв М.К., Баклушинский В.А., Есипенко Г.Е. Затем на кафедру пришли Торопов Е.Н., Борцова Т.И., Кушнерова Г.В., Антропова Н.И., Гинзберг Э.А., Куропатов М.И., Никитина Л.А. и другие.

В связи с тем, что появились новые специальности, для которых пока еще не было учебников, под руководством А.А. Савёлова преподавателям кафедры приходилось разрабатывать много учебно-методических пособий. Эта работа была продолжена и при новом заведующем кафедрой Ю.И. Соловьеве. Под его руководством сотрудники кафедры стали активно заниматься фундаментальными и прикладными научными исследованиями. В 1968 г. открылась очная аспирантура. Первые ученики Ю.И. Соловьева (к.т.н., доцент Власов А.Г., ст. преп. Прохорова Н.Л., к.ф.-м.н., доцент Залесов Г.Ф., ст. преп. Гейнц О.М.) в настоящее время работают на кафедре. Многие выпускники аспирантуры кафедры после защиты в настоящее время живут и работают за рубежом (Израиль, Германия, США, Канада).

С 1976 г. кафедра ведет совместные научные исследования с кафедрой "Путь и путевое хозяйство" по математическому моделированию напряженного и деформированного состояния деталей рельсовых скреплений (доц. Антонов Н.И.), с 2001 года ведутся совместные исследования с кафедрой "Технология транспортного машиностроения и эксплуатация машин" (проф. Григорьев Ю.Д.) по совершенствованию организации технического обслуживания транспортных и технологических машин, с 1998 года ведется сотрудничество с Институтом Актуариев Великобритании по организации актуарного образования в регионах Западной Сибири (доц. Вдовин В.В., проф. Григорьев Ю.Д.).